蛋白标记（protein labeling）是通过体内或者体外方法将标记物与目的蛋白结合的技术。标记后的蛋白仍保持蛋白活性，标记物既可以作为示踪剂指示与蛋白相关的反应，也可以作为干预物作用于目标蛋白或者细胞。随着近年技术发展，尤其是绿色荧光蛋白（GFP，green fluorescent protein）的发现和应用，蛋白标记技术在生命科学领域发挥着越来越大的作用。
